नव्या काबिजादीतील फोंडा पोर्तुगिजांच्या ताब्यात जवळपास अठराव्या शतकात आला. परंतु तत्पूर्वी जुवारी आणि मांडवी नदीपल्याड असणारे तिसवाडी, सासष्टी आणि बार्देस हे तीन महाल सोळाव्या शतकात पोर्तुगिजांच्या सत्तेखाली आले. जुन्या काबिजादीत पोर्तुगीज सत्ताधिशांनी आणि त्यांच्यासोबत असणाऱ्या ख्रिस्ती धर्माधिकाऱ्यांनी धार्मिक छळवादाद्वारे प्रचंड विध्वंस अणि उच्छाद मांडला. त्यामुळे या महालातल्या बऱ्याच मंदिरांचे स्थलांतर झाले आणि मंगेशी, म्हार्दोळ, रामनाथी आदी स्थळे विशेष नावारूपास आली. छत्रपती शिवाजी महाराजांनी गोव्याच्या पोर्तुगीज सत्तेखाली असलेल्या प्रदेशाच्या शेजारीच आपल्या हिंदवी स्वराज्याची सीमा भिडवल्या कारणानेच पोर्तुगिजांच्या धार्मिक अन्याय आणि अत्याचाराच्या सत्रावर बरेच निर्बंध आले. १६६८ मध्ये शिवाजी महाराजांनी गोवा शहराच्या राजधानीपासून जवळच नदीपल्याड असलेल्या डिचोलीतल्या हिंदोळेत (नार्वे) येथील श्री सप्तकोटेश्वर मंदिराचा जिर्णोद्धार करून पोर्तुगीज सत्तेला फार मोठे आव्हान निर्माण केले. महाराजांच्या आकस्मिक मृत्यूमुळे छत्रपतीस्थानी आलेल्या संभाजी महाराजांनी (Sambhaji Maharaj) गोमंतभूमीकडे लक्ष केंद्रित केले आणि शिवशाहीत असणाऱ्या डिचोली शहरात औरंगजेबपुत्र अकबर (द्वितीय) याच्यासोबत वास्तव्य केले. पोर्तुगीज राष्ट्राच्या अखत्यारीत असणाऱ्या गोव्याची (Goa) सीमा शिवशाहीतल्या महालांशी भिडत असल्याकारणाने इथे हिंदुधर्मी आणि संस्कृतीचे प्राबल्य टिकले.

हिरव्यागार माडापोफळीच्या सान्निध्यांत वास्तव्यास आलेली सासष्टीतील कवळेची शांतादुर्गा आणि अन्य देवस्थानाचा लौकिक वृद्धिंगत झाला. त्याला हिंदवी स्वराज्याचे लाभलेले सुरक्षाकवच कारणीभूत होते. शिवरायांच्या पश्चात वीर अक्षौहिणीचे सामर्थ्य लाभलेल्या छत्रपती संभाजी महाराजांनी पोर्तुगिजांच्या सत्तेविरुद समर्थपणे लढा उभारला. मराठा साम्राज्याला अल्पकाळ सत्तास्थानी लाभलेल्या या राजाने केवळ मुगल बादशहाची दक्षिणेकडे चालू असलेली विजयी आगेकूच रोखली नाही तर गोव्याच्या कोकण काशीच्या लौकिकाला जपण्यासाठी अभेद्य भिंत उभी केली. फोंडा महाल आज देवभूमीच्या आदरास पात्र ठरला त्याला शिवाजी, संभाजी महाराजांबरोबर त्यानंतर मराठेशाहीत सत्तास्थानी आलेले राज्यकर्ते कारणीभूत ठरले. ११ मार्च १६८९ रोजी पुण्याजवळच्या वळू-तुळापूरच्या परिसरात मुगल छावणीत औरंगझेबाने संभाजी महाराजांची निघृणपणे हत्या केली. असे असताना मराठेशाही युरोपियन सत्ताधिशांना शंभर वर्षांहून अधिक काळ पुरून उरली, त्याला संभाजीराजांचे सर्वोच्च आत्मबलिदान आणि त्यानी चेतवलेले स्फुल्लिंग कारणीभूत ठरले होते. १६८२ साली मुघल प्रचंड सैन्यासह संभाजी महाराजांविरुद्ध लढण्यास येत असल्याची बातमी जेव्हा पोर्तुगीज विसरईस लागली तेव्हा त्याने आपल्या अधिकाऱ्यांना मुघलांस पोर्तुगीज प्रदेशांतून वाट द्यावी, असे कळवले. त्यांच्या नौकांस समुद्रमार्गे येण्यास मुभा देण्याचेही ठरले. त्याला मुघल-मराठे युद्धात संभाजी महाराजांचा पराभव खात्रीने होईल असे वाटायचे. तसे झाले असते तर दक्षिण कोकणचा प्रांत गोव्यास जोडणे शक्य झाले असते.

पोर्तुगिजांनी आपल्या प्रदेशातून मुघलांस जाण्यास अनुमती दिल्यामुळे मराठ्यांनी पोर्तुगीज अमलाखालील कित्येक गावे लुटली. त्यामुळे चिडलेल्या पोर्तुगिजांनी महाराजांच्या वकिलास कैदेत टाकले आणि मराठ्यांच्या ताब्यात असलेल्या चौलवर तोफा डागल्या. परंतु कल्याणच्या लढाईत महाराजांनी मुगघलांवरती कुरघोडी केल्याचे कळताच विसरईने त्यांचे पत्राद्वारे अभिनंदन करण्याची संधी घेतली. दरवर्षी श्रावणात गोकुळाष्टमीसाठी भतग्राम महालातल्या नार्वे येथील पंचगंगांच्या संगमस्थळी भरणाऱ्या जत्रेला महाराज तीर्थक्षेत्री येणार असल्याची बातमी विसरईस लागली. काँदी द आल्व्होर याला महाराजांना जीवंत पकडण्याची इच्छा झाली होती. याची प्रचिती त्यासंदर्भातल्या पत्रातून येते. मराठ्यांनी चौलला वेढा घातल्याने आणि आपले बस्तान किल्ल्यावर प्रस्थापित केल्याने, चौलचा वेढा उठविण्यास मराठ्यांना भाग पाडावे म्हणून विसरईने फोंड्यावर हल्ला करण्याचे ठरवले. त्यानुसार २७ ऑक्टोबर १६८३ रोजी विसरई जुवारी नदीच्या दुसऱ्या तिरावरील आगशी येथे सैन्यासह शस्त्रसज्ज होता. दुसऱ्याच दिवशी फोंड्याचा देसाई दुलबा नायक याला फितूरीस प्रवृत्त करून, विसरई फोंडा महालातले त्याकाळचे महत्त्वाचे बंदर असलेल्या दुर्भाट येथे जहाजाद्वारे सैन्यांसह उतरला आणि तेथून विशेष अटकाव न झाल्याने शिताफीने फोंड्यास पोहोचला. फोंड्याच्या रक्षणासाठी उभारलेल्या किल्ल्यावर त्यांने तोफा डागण्याचे आदेश दिले. किल्ल्यात मराठ्यांचे सहाशे आणि जवळच्या जंगलात सुमारे दोनशे सैनिक असल्याने, त्या सर्वांनी जेव्हा निकराने प्रतिकार केला तेव्हा विसरई हादरला. पुन्हा त्वेषाने पूर्वतयारीसह हल्ला करण्याच्या प्रयत्नात विसरई असतानाच महाराजाना याचा सुगावा लागतला व ते राजापूरहून तातडीने फोंड्यात आले. मराठे सैन्य किल्ल्यातच आपली कोंडी करतील आणि परतीची वाट अडवतील या भयाने ग्रस्त विसरईने वेढा उठवला. यावेळी उद्भवलेल्या गोंधळापायी पोर्तुगीज सैन्याने युद्धातून काढता पाय घेऊन दुर्भाट बंदराच्या दिशेने धाव घेतली. मराठे आणि पोर्तुगीज सैनिकांत आलेल्या युद्धात पोर्तुगीज सैनिकांना मोठ्या प्रमाणात प्राणास मुकावे लागले तर विसरई दोनवेळा मृत्यूच्या दाढेतून जखमी होऊन वाचला. या युद्धात पेडण्याचे देसाई केशव प्रभूंसह साखळी, डिचोली येथील देसाई पोर्तुगिजांच्या बाजूने लढले, रेवोडे, नानोडे आणि पीर्ण येथील वतनदार सत्रोजी राणे याला मराठ्यांनी कैद केले होते. कुडाळ प्रांताचे खेम सावंतसुद्धा पोर्तुगिजांना अनुकूल होते. परंतु, संभाजी महाराजानी पराक्रमाची शर्थ करून पोर्तुगिजांना पराभूत करण्यात यश मिळवले. पोर्तुगिजांच्या तोफांच्या माऱ्यामुळे किल्ल्याच्या आतील तटबंदीस भगदाड पडले, कृष्णाजी कंकासारखा शौर्यवंत धारातिर्थी पडला.

फोंड्यातला किल्ला तोफांच्या माऱ्यात निकामी झाल्याने महाराजांनी या शहराच्या संरक्षणास पूरक ठरावा म्हणून दगडांनी समृद्ध अशा टेकडीवर मर्दनगड या नव्या किल्ल्याची उभारणी केल्याचा उल्लेख इटालियन प्रवासी जेमिली कारेरीने केलेला आहे. फोंड्याच्या युद्धात मराठ्यांनी विजयश्री मिळावी म्हणून पीर अब्दुलखान याच्या दर्ग्यासमोर नवस केला होता. कवी कलश यांनी नवसफेडीसाठी फोंड्याचा सरसुभेदार धर्माजी नागनाथ यांना उद्देशून असलेल्या वेतनपत्रात हजरत पिराच्या दर्ग्यावर ऊद, फूले, दिवाबत्तीची व्यवस्था करण्यास खर्चाची तरतूद केली होती, फोंड्याच्या लढाईत पोर्तुगिजांचा अपमानास्पद व दारुण पराभव झाल्याकारणाने विसरई आणि जनरल दो रुद्रिगु द कॉइत यांना पळता भुई थोडी झाली. फोंडा येथील अपयशाची धास्ती घेतलेला विसरई ११ नोव्हेंबर १६८३ रोजी राजधानीत परतला आणि मनःशांतीसाठी जेझुइट मठात चक्क ४ दिवस कोणाची भेट न घेता राहिला.

फोंडा येथील यशामुळे संभाजी महाराजांनी मांडवी नदीपल्याड असणारे गोवा शहर ताब्यात घेण्यासाठी बेत आखला आणि अल्पावधीत मराठ्यांनी सात इस्तेव्ह येथील किल्ला ताब्यात घेतला. नदीच्या पात्रातून ओहोटीवेळी तिसवाडींत प्रवेश करण्यासाठी महाराजांनी आपला घोडा घातला, त्यावेळी सुरू झालेल्या भरतीच्या पाण्यात महाराजांचा घोडा वाहून जाण्याची परिस्थिती उद्भवली तेव्हा खंडो बल्लाळांनी मोठा धोका पत्करून त्यांचे प्राण वाचवले. गोवा शहर जिंकण्याचे महाराजांचे स्वप्न अधुरे राहिले तरी फोंडा येथील आपल्या सैन्याची उडालेली दाणादाण मात्र पोर्तुगिजांच्या स्मृतीत कायम राहिली. हा इतिहास स्फूर्तीदायक असाच आहे.