पाकिस्तानची गुप्तचर संस्था आयएसआय (ISI) ढाक्यामध्ये इस्लामी दहशतवादाची मुळे मजबूत करून बांगलादेशला (Bangladesh) अस्थिर करण्याचा प्रयत्न करत असल्याचा आरोप केला जात आहे. बांग्लादेशच्या एका स्थानीक वृत्त वाहिनीच्या माहितीनुसार लष्कराशिवाय आयएसआयच्या भूमिकेवर भर देत बांगलादेशचे मंत्री हसन उल-इनू म्हणाले की, पाकिस्तानची (Pakistan) गुप्तचर संस्था बांगलादेशच्या स्वातंत्र्यापासून बांगलादेशला अस्थिर करण्याचा प्रयत्न करत आहे आणि या गोष्टींकडे दुर्लक्ष केले जाऊ शकत नाही.(Pakistan helps ISI to destabilize Bangladesh)

बांगलादेशातील दहशतवाद आणि पाकिस्तानने दिलेला पाठिंबा यांच्यातील संबंध 2016 च्या ढाका येथील होली आर्टिसन बेकरी हल्ल्यात समोर आले, ज्यात पाच वेगवेगळ्या देशांतील 20 लोक मारले गेले. हा हल्ला जमात-उल मुजाहिदीन बांगलादेशने (जेएमबी) केला होता. या दहशतवादी गटावरील हल्ल्यानंतर छापे टाकल्या नंतर या गटाला पाकिस्तानस्थित लष्कर-ए-तैयबा (एलईटी) चे समर्थन होते.

पाकिस्तानची गुप्तचर संस्था आयएसआयवर अनेकदा लष्कर-ए-तैयबासह विविध दहशतवादी गटांना पाठिंबा दिल्याचा आरोप करण्यात आला आहे. 2016 च्या ढाका हल्ल्यानंतर बांगलादेश सरकारने केलेल्या तपासणीत असे आढळून आले की जेएमबीचे दहशतवादी लष्करी प्रशिक्षणासाठी पाकिस्तान आणि नंतर अफगाणिस्तानात गेले होते. रिपोर्टनुसार, बांगलादेशमध्ये जेएमबी आणि अतिरेकी पसरवण्यात लष्कर-ए-तैयबाने महत्त्वाची भूमिका बजावली आहे.

जेएमबी आणि लष्कर-ए-तैयबाने बांगलादेशातील टेकनाफ आणि बंदरबनच्या दुर्गम भागात राहणाऱ्या रोहिंग्या मुस्लिमांना मदत करण्यास सुरुवात केली आहे. याआधी, म्यानमारचे माजी राष्ट्राध्यक्ष हटिन क्याव यांनी देशाच्या सीमा चौक्यांवर झालेल्या हल्ल्यांसाठी रोहिंग्या दहशतवादी गट उर्फ ​​मुल मुजाहिदीन (एएमएम) ला जबाबदार धरले होते. अहवालात म्हटले आहे की बांग्लादेशस्थित एएमएम हरकत-उल-जिहाद इस्लामी-अरकानमधून उद्भवला आहे, ज्याचे लष्कर आणि पाकिस्तान तालिबानशी जवळचे संबंध आहेत.